三 六 協 定
三六協定とは、労働基準法第３６条の時間外労働及び休日労働に関する、使用者と労働者の協定のことです。
三六協定が理解しずらいのは
1、労働基準法３６条の協定届け出の効果が、事業主の刑事罰の免責（違法性阻却)であるのに法条文からは、そのことが読み取りにくい。
2、使用者が労働者に時間外・休日労働をさせるには、本来なら上記1、の３６条の協定届け出の他に、使用者と労働者との間に労働者に超過労働させる民事上の契約（超過労働してもいいという労働者の意思）が必要なのに、法条文には何も書かれていない。
まずこの2点を確認してから、以下を読み進めてください。
労働基準法は、第３２条から第35条で次の通り主に労働時間の上限等を定めています。
32条 法定労働時間
32条の2 1か月単位の変形労働時間制
32条の3 フレックスタイム制
32条の4 1年単位の変形労働時間制 割り増し賃金等については省略
32条の5 1週間単位の変形労働時間制
33条 災害時の時間外労働
34条 休憩
35条 休日
そして36条で使用者が労働者に、32条から35条までの法定労働時間を超えて、また法定休日に労働させるための手続きと効力発生要件について規定しています。概略以下のとうりです。
労働基準法の原則
法定労働時間 1週40時間 1日8時間 (32条）
法定休日 週1回以上（35条）
36条はその例外（時間外労働・休日労働）が許されるための要件と効果を定めています。
使用者は、
1、労使協定の締結（過半数労働組合、これがないときは事業場の過半数代表者と締結）
2、所轄労基署長への届け出（効力発生要件）
をすれば、超過労働させても３２条違反（３６条違反ではない）として処罰されない。これは刑事上（労働基準法13章で使用者に対し懲役刑・罰金刑を規定）処罰されないということです。
刑法では、「構成要件（処罰規定）に該当する違法有責な行為でないと処罰されない」ですから、上の要件を満たせば違法性が阻却され処罰されないということです。正当防衛とか緊急避難と同じです。
36協定の効力は違法性が阻却され、刑事上の責任を負わない。それのみです。
36条協定を締結しても、労働者が時間外・休日に労働しなければならない義務は発生しません。
理由としては上の要件1、協定締結の当事者である労働者は過半数労働組合、これがないときは事業場の過半数代表者ですから、個々の労働者の意思に反する協定内容となる可能性は十分考えられるわけだから協定により民事上の効力を労働者全員に負わせることはできないと考えることができます。
また、そもそも労働基準法は、最低の労働条件を定め（1条２項）、これを使用者に対し刑罰をもって守らせ、労働者を保護する国家と使用者の公法上の関係です。使用者としては、労働者に超過労働させる民事（私法）上の義務規定を労働契約・就業規則・労働協約のいずれかに置くことが必要とされます。「昭63.1.1期発第1号」
労働者に超過労働させる民事上の義務規定なく、三六協が締結されているときに、法定時間外労働を使用者が労働者に命じた場合どのよになるのでしょか？
昭63.1.1期発第1号（原文）
(５) 労使協定の締結
イ 労使協定の効力
労働基準法上の労使協定の効力は、その協定に定めるところによって労働させても労働基準法に違反しないという免罰効果をもつものであり、労働者の民事上の義務は、当該協定から直接生じるものではなく、労働協約、就業規則等の根拠が必要なものであること。
ロ 労使協定の締結の適正手続
労働者の過半数で組織する労働組合がない事業場における過半数代表者の選任については、次の要件に該当するものであること。
① 過半数代表者の適格性としては、事業場全体の労働時間等の労働条件の計画・管理に関する権限を有するものなど管理監督者ではないこと
② 過半数代表者の選出方法として、(a)その者が労働者の過半数を代表して労使協定を締結することの適否について判断する機会が当該事業場の労働者に与えられており、すなわち、使用者の指名などその意向に沿って選出するようなものであってはならず、かつ、(b)当該事業場の過半数の労働者がその者を支持していると認められる民主的な手続が採られていること、すなわち、労働者の投票、挙手等の方法により選出されること
(６) なお、今回の労働基準法の改正に伴い、就業規則の改正が行われることとなると考えられるが、それに併せ、一〇人未満の事業場も含め、小規模事業場における就業規則の一層の整備を図るよう指導すること。
民事（私法）上の義務規定となりうるのは、以下の三つです。
1、労働契約 労働者個人と使用者間で結ぶ個別具体的な契約
2、就業規則 使用者が経営権を根拠に定める規則
3、労働協約 使用者と労働組合が結ぶ協定
労働者の民事上の労働義務（使用者からすれば時間外労働命令権)の根拠として1、労働契約は労働者本人の意思が確認されており異論はありません。しかし２、就業規則と3、労働協約は一般的包括的同意であり、労働者個々人の意思が確認されない場合があるはずなのに、上記通達は、労働協約、就業規則等の根拠が必要（根拠となりうる）としています。これは初期の判例が労働協約、就業規則では労働者の同意があったとは言えないから、使用者の時間外労働命令権は認められないとしていたのを、後に多くの判例が労働協約、就業規則が使用者の時間外労働命令権の根拠となりうるとした経緯からです。
しかし、上記三つのうち使用者が一方的に定めた就業規則が義務規定となりうるとするのは、疑問があります。その理由は、個々の労働者の意向が反映されないことが考えられるからです。「今は残業は絶対いや」という人はいるはずです。